Фамилия Пуген ведет свое начало от шорского слова «пуген», которое в переводе на русский язык означает «изогнутый, кривой». Вполне возможно, что эта фамилия первоначально употреблялась в качестве личного прозвища, которое мог носить сутулый человек.