Фамилия Пуган — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от массовых фамилий на -ов, она образована по бессуффиксной модели: к основе прозвища Пуган сразу добавили фамильный суффикс -ин (значение «чей?» — сын Пугана). Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а, и встречается реже, чем патронимы на -ов.

Главная версия связывает фамилию с глаголом «пугать». Прозвище Пуган могли дать человеку пугливому, боязливому, либо, наоборот, тому, кто сам наводил страх — например, обладал громким голосом или суровым нравом. В говорах слово «пуган» фиксируется и в значении «пугало, чучело», что тоже могло стать основой для прозвища: так могли назвать неопрятного или нелепо одетого человека.

Есть и менее очевидная версия: связь с диалектным «пуга» — так в некоторых регионах называли сову или филина. Птица эта ассоциировалась с ночной жизнью, таинственностью, а её крик — со страхом. Если предок получил прозвище Пуган из-за сходства с этой птицей (например, за большие глаза или нелюдимость), фамилия оказывается не связана напрямую с эмоцией страха, а уходит в народную зоологию.

Фамилия встречается в основном на юге России и в украинских областях, где суффикс -ан в прозвищах был особенно продуктивен. Встречаются также варианты Пуганенко, Пуганов — но форма Пуган сохранила исходное прозвище почти без изменений. В дореволюционных переписях носители фамилии числились в основном крестьянами и однодворцами, что подтверждает народное, недворянское происхождение.