Фамилия Пугановский — типичный пример фамилии, образованной от прозвища через суффикс -ский, который указывал на принадлежность к местности или роду. В русской ономастике такие фамилии чаще всего носили дворяне, духовенство или выходцы из Западной Руси, где суффикс -ский был особенно распространён. Однако в случае Пугановского основа — не географическое название, а личное прозвище «Пуганый», то есть «тот, кого пугали» или «пугливый человек». Такие прозвища давали людям с тревожным, осторожным характером или тем, кто пережил испуг.

Суффикс -овск- в фамилии — редкая деталь. Обычно фамилии на -ский образуются напрямую от основы (Пуганый → Пуганский), но здесь мы видим промежуточную форму Пуганов, от которой пошёл Пугановский. Это могло означать, что первоначально существовала фамилия Пуганов (от прозвища Пуган, более краткой формы), а потом её обладатель или его потомки получили «дворянскую» приставку -ский, чтобы подчеркнуть статус. В XVIII–XIX веках так поступали, например, выходцы из духовенства и мелкопоместные дворяне, желавшие звучать «благороднее».

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с названием населённого пункта — Пуганово или Пугановка. Такие топонимы встречаются в разных регионах России (например, в Псковской области есть деревня Пуганово). Если предки Пугановского получили фамилию по месту жительства, то она читалась бы как «выходец из Пуганово». Но с исторической точки зрения прозвищная версия правдоподобнее: фамилии на -ский от названий деревень обычно сохраняют топоним без промежуточного суффикса -ов- (сравните: Ивановский от Иваново, а не Иванововский).

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели описаны: суффикс -ск- мог наслаиваться на уже готовую фамилию на -ов, создавая гибридные формы. Пугановский — как раз такой случай. География фамилии сегодня неширокая: носители встречаются в центральной России и на Украине, что подтверждает её восточнославянское происхождение. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией нет, что типично для фамилий, возникших в крестьянской или мещанской среде и не попавших в дворянские родословные книги.