Фамилия Пуганцева — женская форма, а мужская, Пуганцев, образована по той же модели, что и тысячи других русских фамилий, но с редким и выразительным корнем. Если отбросить типичный патронимический суффикс -ев (который в данном случае присоединился к основе на -ц), остаётся основа «Пуган-». В ней слышится глагол «пугать». Но прямой связи с «пугалом» или «страхом» здесь меньше, чем кажется на первый взгляд.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Пуган или Пугань. В старых русских говорах «пуган» — не только «тот, кто пугает», но и «пугливый человек», а также «заяц» (от пугливого нрава). В некоторых диалектах «пуганом» называли нелюдимого, диковатого человека. Таким образом, прозвище могло закрепиться либо за боязливым, либо за тем, кто сам наводил страх — например, за сторожа, который отгонял зверей с поля. Есть и более прозаичная версия: «пугать» в ряде областей значило «гнать, прогонять», и прозвище могло относиться к пастуху или погонщику.

Особенность фамилии — суффикс -цев/-цов, указывающий на происхождение от прозвища, оканчивающегося на -ец: Пуган > Пуганцев. Такая модель характерна для южнорусских и западнорусских земель, особенно для бывших территорий Смоленского и Брянского княжеств. Если Пуганцев — коренной житель этих мест, то его предок, скорее всего, получил прозвище за характер или занятие, а не за имя в крещении.

В отличие от более частых фамилий на -ов/-ин, Пуганцев встречается редко. Словарь Б. Унбегауна не фиксирует эту фамилию среди распространённых, что говорит о её локальном бытовании. В переписях XVII–XVIII веков она могла не попасть в общерусские списки из-за малочисленности рода. Сегодня носители фамилии Пуганцева встречаются в основном в Центральной России и Поволжье, что подтверждает её «гнездовой» характер.

Коротко: фамилия Пуганцева означает «дочь/жена Пуганцева», а тот, в свою очередь, потомок человека с прозвищем Пуган. Прозвище это — не про пугало в огороде, а про живую черту характера или занятие предка.