Фамилия Пугаева — женская форма фамилии Пугаев, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем Пугай. В мужском варианте фамилия образована с помощью самого распространённого русского суффикса -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или на -й. Таким образом, Пугаев — это буквально «сын Пугая» или «потомок Пугая».

Корень здесь — глагол «пугать» или существительное «пугало», «пугач». Прозвище Пугай могли дать человеку по разным причинам. Самая прямая версия: предок был пугливым, боязливым, отсюда и насмешливое прозвище. Однако в русских говорах слово «пугай» имело и другие значения. В некоторых регионах так называли филина или сыча — птиц, чей крик считался страшным, зловещим. В этом случае прозвище могло относиться к человеку с громким, резким голосом или нелюдимому, «совиному» по характеру.

Есть и более конкретная, ремесленная версия. В диалектах «пугач» — это не только пугало, но и специальный инструмент, например, большой молот или колотушка, которой пугали скот или отпугивали зверей. Человека, который делал такие орудия или работал ими, тоже могли прозвать Пугачом или Пугаем. Со временем это прозвище закрепилось как фамильное.

В отличие от знаменитой фамилии Пугачёв (от глагольной формы «пугач» с суффиксом -ёв), Пугаев — более редкий вариант. Он встречается в разных регионах России, но заметной концентрации в какой-то одной области нет. Фамилия не связана с Емельяном Пугачёвым и его восстанием — это параллельное образование от того же корня, но с другим суффиксом. Скорее всего, предки Пугаевых были крестьянами или ремесленниками, получившими прозвище за особенность характера, внешности или род занятий, а не за исторические события.