Фамилия Пугакова — женская форма фамилии Пугаков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Пугак. В основе лежит древнерусский глагол «пугать», и, казалось бы, всё очевидно: предок был пугливым человеком. Однако у слова «пуга» был и другой, более конкретный смысл — так называли птичье пугало или чучело на огороде. В говорах «пугалом» могли назвать не только огородное страшилище, но и неопрятного, лохматого человека. Таким образом, прозвище Пугак могло означать либо «пугач» (тот, кто пугает), либо «пугало» (неуклюжий, нелепый видом).

Суффикс -ак в прозвище Пугак типичен для русских и украинских фамилий и указывает на носителя признака: бледный — Бледнак, худой — Худак, пугающий — Пугак. Такая модель образования говорит о том, что фамилия скорее крестьянская или посадская, а не дворянская. В дворянской среде чаще использовали фамилии на -ский или -ов от полных христианских имён. Пугаковы — это люди из простонародья, которых «окрестили» по характерной черте внешности или поведения.

Стоит отметить, что фамилия Пугаков не имеет прямого отношения к Емельяну Пугачёву. Фамилия Пугачёв образована от другого прозвища — Пугач (филин, сыч), и суффикс -ёв указывает на иную словообразовательную модель. Пугакова — фамилия редкая, и её география не привязана к какому-то одному региону, но чаще всего встречается в центральных и южных областях России, где были распространены прозвища с суффиксом -ак.

Если разбирать фамилию по составу: корень пуг-, суффикс -ак- и фамильный суффикс -ов. Ударение в фамилии, как правило, падает на второй слог — Пугако́ва, хотя в некоторых говорах возможно ударение на первый. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла писаться через «о» — Пугоков, что отражает акающее произношение.