Фамилия Пугачова — женская форма фамилии Пугачов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Пугач. В основе лежит слово «пугач» — так в русских говорах называли филина или сыча, а также пугало, чучело на огороде. Прозвище Пугач давали либо человеку с большими, круглыми глазами (как у совы), либо тому, кто любил пугать, был пугливым или, наоборот, сам легко пугался. В некоторых областях «пугачом» называли и нелюдимого, угрюмого человека, который сторонился людей.

Модель образования фамилии типична для восточнославянской традиции: к основе прозвища Пугач добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Пугача» или «принадлежащий Пугачу». Финальное -а в женской форме — грамматический показатель рода. Фамилия сравнительно редкая, но не уникальная: в России встречаются и Пугачёвы (с ударением на последний слог), и Пугачовы. Разница в написании — историческая: до реформы орфографии 1918 года буква «ё» часто не ставилась, и фамилию писали через «о», хотя произносили по-разному.

Интересная деталь: в отличие от широко известной фамилии Пугачёв (от того же корня, но с другим ударением), Пугачова — менее частотный вариант. По данным переписей и телефонных справочников, она встречается в основном на юге России: в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Беларуси. Родственные фамилии — Пугач, Пугачевский, Пугаченко — указывают на тот же корень, но с разными суффиксами, характерными для разных регионов.

О сословном происхождении носителей фамилии точных данных нет, но по модели образования можно предположить, что предки Пугачовых были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по прозвищу в XVII–XVIII веках. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано.