Фамилия Пугачов — яркий пример «говорящего» прозвища, которое закрепилось в документах и передалось потомкам. Вопреки распространённому заблуждению, она не имеет прямого отношения к знаменитому бунтарю Емельяну Пугачёву. Скорее, наоборот: его собственная фамилия образовалась от того же корня, что и у многих крестьян и горожан. Основа здесь — «пугач», слово с двумя основными значениями. Первое — это филин или сова, птица, которую в народе называли «пугачом» за её резкий, пугающий крик. Второе, более прозаичное, — пугало, огородное чучело, которое ставили отпугивать птиц. В некоторых говорах «пугачом» могли назвать и человека нелюдимого, диковатого, либо того, кто любил подшутить, внезапно напугать.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Пугачов — это сын Пугача. Фамилия закрепилась в северных и центральных губерниях России, особенно в Вятской, Пермской и Костромской. Интересно, что в старых документах встречается вариант написания через «ё» — Пугачёв, но в XIX веке, при унификации фамилий в метрических книгах, многих записали через «о», что не меняло произношения, но создало формальное различие. В некоторых семьях до сих пор спорят, как правильно писать, хотя лингвистически оба варианта восходят к одному прозвищу.

Ономасты, в частности Б. Унбегаун в своём труде по русским фамилиям, относят Пугачова к группе фамилий, образованных от названий птиц. Таких фамилий на Руси много: Соколов, Воробьёв, Голубев. Но «пугач» — не просто птица, а птица с яркой поведенческой характеристикой, что делает фамилию более выразительной. Версия о происхождении от слова «пугать» как характеристики пугливого человека менее вероятна: прозвища обычно давали по действию (кто пугает), а не по состоянию (кто боится). Таким образом, предки современных Пугачовых с высокой долей вероятности были либо людьми с необычной внешностью или повадками, напоминавшими филина, либо жили в местности, где водилось много этих птиц, и прозвище пристало к ним по-соседски.