Фамилия Пугацкий — пример относительно редкой модели, где основа сочетается с суффиксом -цк-, характерным для польской или западнорусской (белорусской, украинской) традиции. В русском языке чаще встречается суффикс -ск-, а -цк- обычно указывает на географическое происхождение: так образовывались фамилии от названий мест на -цы, -цк. Например, человек из местечка Пугачи или Пугацк мог получить прозвище Пугацкий. Такие топонимы действительно встречаются: в Беларуси есть деревня Пугачи в Витебской области, а в Польше — населённые пункты вроде Pugacz. Таким образом, фамилия скорее всего указывает на выходца из определённой местности, а не на прямое занятие.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — происхождение от прозвища Пугач (пугач — филин, сова, а также в переносном смысле «пугало», «тот, кто пугает»). Если бы фамилия образовалась напрямую от прозвища, в русской традиции она звучала бы как Пугачёв (с суффиксом -ёв). Форма Пугацкий могла возникнуть, если носитель прозвища Пугач был шляхтичем или жил на землях, где преобладала польская модель фамилеобразования. В этом случае фамилия означала бы «принадлежащий Пугачу» или «из рода Пугача».

Словообразовательно суффикс -цк- в фамилии Пугацкий — ключевой маркер. Он указывает на то, что фамилия не могла возникнуть стихийно у крестьян центральной России, где преобладали -ов/-ев. Её носители — скорее выходцы из западных губерний Российской империи (современные Беларусь, Украина, Литва) или польские переселенцы. Социально это могла быть мелкая шляхта или мещане, которые фиксировали своё происхождение по месту жительства.

Встречаемость фамилии сегодня невысока. Основные очаги — запад России (Смоленская, Брянская области), а также Беларусь и восточная Польша. В документах XVIII–XIX веков фамилия могла писаться как Пугацкі (по польской орфографии) или Пугацкой (в русских метриках). Вариативность написания — Пугацкий, Пугацкой, реже Пугацки — не меняет сути: это всегда указание на место или родовую принадлежность к Пугачам.