Фамилия Пугацкая — редкий пример того, как прозвище, а не крестильное имя, легло в основу семейного именования. В её сердцевине — прозвище Пугач, которое ведёт начало от глагола «пугать» или «пугаться». Так могли прозвать человека с двумя противоположными чертами: либо робкого, которого легко было испугать, либо того, кто сам любил пугать окружающих — скорее всего, в шутку, ради смеха.

Интересно, что модель образования фамилии не самая частая. Суффикс -цк- в сочетании с окончанием -ая указывает на форму женского рода, типичную для фамилий-прилагательных. Изначально такие фамилии отвечали на вопрос «чей?» или «откуда?» и часто закреплялись за жёнами и дочерьми. То есть Пугацкая — это буквально «жена или дочь Пугача». Сама фамилия Пугач, от которой образована женская форма, встречается у восточных славян, но Пугацкая — вариант более редкий, что делает её особенно интересной для генеалогического поиска.

Возможно и другое прочтение. В основе могло лежать не прозвище, а языческое личное имя Пугач со значением «тот, кто пугает, устрашает внешним видом, или пугается». Такие имена относились к охранительным: родители, надеясь уберечь сына от сглаза или злых духов, нарочно давали ему неблагозвучное или пугающее имя. В данном случае, желая вырастить мальчика смелым и красивым, они называли его Пугачом, веря, что имя отведёт беду. Позже прозвище или имя Пугач, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его — как в повседневной жизни, так и в официальных документах.

Стоит учесть, что точное происхождение фамилии может проясниться только при обращении к региональным архивам. В разных говорах слово «пугач» имело и другие значения: так местами называли филина или сыча — птиц, чей крик пугал путников, а иногда и пугало на огороде. Если предок жил в местности, где такое слово было в ходу, прозвище могло закрепиться за ним по роду занятий или месту жительства. Впрочем, самая правдоподобная версия всё же связывает фамилию с поведением человека, а не с птицей: глагольная основа «пугать» встречается в фамилиях чаще, чем орнитологическая.