Фамилия Пухерева — редкий случай, когда образование понятно, а исходное слово почти утрачено. В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Пухерь. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Пухерев — сын Пухеря. Но что означало само слово «пухерь»?

В диалектах русского языка «пухерь» или «пухырь» — это вариант слова «пузырь». В говорах северных и сибирских областей так называли не только надутый пузырь, но и обидчивого, надутого человека, который «пухнет» от злости. Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с глаголом «пухать» — дуть, пыхать. Тогда Пухерем могли прозвать человека с тяжёлым дыханием или того, кто работал с мехами (кузнец, стеклодув). Третья гипотеза отсылает к слову «пух» — мягкий, пушистый человек, но фонетически форма «Пухерь» для такого значения нетипична, чаще встречается Пухов.

Самая правдоподобная версия — прозвище по характеру. В русской ономастике фамилии на -ерь (-ырь) встречаются редко и почти всегда имеют диалектную основу (сравните: Козырь, Пузырь). Пухерев, скорее всего, потомок человека, которого дразнили за обидчивость или склонность «надуваться» по пустякам.

Фамилия очень редкая. Поиск по базам данных показывает, что основная масса носителей сосредоточена в центральных и северных областях России, особенно в Костромской и Вологодской губерниях — там, где слово «пухырь» бытовало в живой речи. Встречается вариант написания Пухырев, но Пухерев — более архаичная форма, сохранившая мягкое произношение корня.

Социальный состав носителей, судя по архивным записям XIX века, — преимущественно крестьяне и мещане. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована. Это типичная «прозвищная» фамилия, которая закрепилась за простыми людьми и не перешла в высшие сословия.