Фамилия Пухарева образована от прозвища Пухарь, и в основе её лежит слово «пух». Толкование этого прозвища двояко, и обе версии имеют под собой реальные основания. Согласно первой, Пухарем называли полного, «пухлого» человека. В старину такая внешность считалась признаком достатка и крепкого здоровья, поэтому прозвище могло нести скорее уважительный оттенок, указывая на зажиточность предка и его хороший аппетит.

Вторая версия относит прозвище к «профессиональным» именованиям, которые описывали род деятельности человека. Пухарем в старину называли кожевенный снаряд, которым чистили мездру — нижний слой шкуры. Если следовать этой логике, предок носителей фамилии мог быть кожевником, а его прозвище закрепилось за ним по орудию труда.

Сам корень «пух» в русской ономастике встречается давно. Из исторических документов известен, например, крестьянин Пух Федор, упомянутый в Новгороде в 1495 году. Это подтверждает древность подобных именований. Фамилия Пухарева, таким образом, могла возникнуть в разных регионах независимо, но в обоих случаях она указывает на конкретную черту человека — либо его внешность, либо занятие. Потомки человека по прозвищу Пухарь со временем закрепили за собой это имя в качестве фамилии.