Фамилия Пухарова — женская форма, мужской вариант — Пухаров. Её основа — прозвище или нецерковное имя Пухарь, которое в русских говорах имело несколько значений. Самое прямое — «тот, кто делает пух»: пухарем называли мастера, обрабатывавшего пух и перо для подушек, перин и одеял. Это было отдельное ремесло, особенно востребованное в городах и крупных сёлах, где существовал спрос на постельные принадлежности. Соответственно, предок мог быть скорняком-пуховиком или торговцем пухом.

Вторая версия отсылает к диалектному глаголу «пухать» — в некоторых областях так говорили о чём-то рыхлом, пышном или о человеке с пышными волосами, бородой. Прозвище Пухарь могли дать за внешность: кудрявому, лохматому или полному, «надутому» человеку. Третье, более редкое значение — «пухарь» как насмешливое прозвище хвастуна или пустозвона, от «пухнуть» в переносном смысле (надуваться от важности).

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов/-ев присоединялся к основе на твёрдый согласный (Пухарь → Пухаров). Фамилия могла закрепиться в любой среде — и в крестьянской, и в мещанской, так как ремесло пухаря было городским, а прозвище — бытовым. Географически фамилия встречается в центральных и южных регионах России, но не относится к числу широко распространённых.

С точки зрения орфографии стоит обратить внимание на ударение: в корне «пух» оно, скорее всего, падает на первый слог — Пу́харов, Пу́харова, что отличает фамилию от слов «пуха́рь» (в значении «надутый») и от фамилий с суффиксом -арь, где ударение часто смещается (например, Гончаро́в). Если в основе лежало именно ремесло, то ударение на корне логично: пух — пу́харь — Пу́харов.