Фамилия Пухничеченко — редкий случай, когда сама форма слова подсказывает, что перед нами не случайный набор слогов, а сложная словообразовательная конструкция. В ней сразу несколько суффиксов, и каждый добавляет свой смысл.

Разберём цепочку. В основе лежит прозвище Пухнич. Оно образовано от глагола «пухнуть» (набухать, отекать) с помощью суффикса -ич. Такие прозвища на -ич в древнерусском языке часто давали по характерной внешности или поведению: Пухнич — человек с одутловатым лицом, полный, склонный к отёкам. Это не ругательство, а бытовая примета, по которой человека различали в деревне.

Далее к основе Пухнич- добавился суффикс -енк-, который в украинской традиции означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть Пухниченко — это «сын Пухнича». Но в вашей фамилии стоит удвоенное -ченко, точнее -ченк-о, что встречается реже. Обычно такое удвоение возникает, когда исходная основа уже оканчивается на -ч, и суффикс -енк- присоединяется к ней без изменений, давая на стыке двойное -чч-, которое на письме упрощается до -ч-. Но здесь мы видим -ченк-, то есть основа Пухнич- + суффикс -енк- даёт Пухниченко. Однако почему не Пухниченко? Вероятно, в устной речи или в документах произошло наращение: от варианта Пухнич образовалась форма Пухниченко, а затем, по аналогии с другими фамилиями (вроде Иванченко -> Иваниченко), добавился ещё один -енк-, превратив её в Пухничеченко. Или же исходное прозвище было Пухничеч (с уменьшительным суффиксом -еч-), и тогда фамилия означает «сын Пухничеча». Это сложный, но логичный путь.

Географически фамилия с суффиксом -енко и двойным -ченко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России, куда переселялись украинские крестьяне. Носителями фамилии были, скорее всего, потомки казаков или крестьян, получивших прозвище по внешности.

Встретить Пухничеченко в исторических документах сложно — фамилия очень редкая. Но её разбор показывает, как язык может «складывать» смыслы: сначала примета (Пухнич), потом указание на родство (Пухниченко), а затем ещё одно уточнение (Пухничеченко). Это не ошибка писаря, а живой процесс словообразования, который закрепился в официальной записи.