Фамилия Пухнякова — женская форма фамилии Пухняков, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Пухняк. В русских говорах слово «пухняк» имело несколько значений: так могли называть что-то рыхлое, пушистое, например, мягкий снег или болотистую почву. Но чаще всего прозвище Пухняк давали полному, мягкотелому человеку — с намёком на «пухлость» или «пухлощёкость». Это не оскорбление, а бытовая характеристика, как Толстяк или Мякиш.

Суффикс -ак в прозвищах типичен для северных и центральных регионов России. Он придаёт основе оттенок просторечия и даже некоторой фамильярности. Сравните: Глушняк (от «глушь»), Березняк (от «берёза»). В случае с Пухняком корень «пух» — общеславянский, родственный словам «пухлый», «пухнуть». Фамилия образована по стандартной патронимической модели: от прозвища отца (Пухняк) через притяжательный суффикс -ов получили Пухняков, то есть «сын Пухняка». Женская форма Пухнякова — это жена или дочь Пухнякова.

В ономастике фамилия редкая. В словарях Б. Унбегауна или В. Никонова она не фигурирует как широко распространённая, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, предки носителей фамилии жили в одном из регионов, где слово «пухняк» было в ходу — например, в Поволжье или на Русском Севере. Сословной привязки нет: прозвище могли дать и крестьянину, и посадскому человеку.

Интересная деталь: написание с буквой «я» в корне (Пухняков, а не Пухнаков) указывает на мягкое произношение — «пухн’ак». Это дополнительно подчёркивает диалектную природу прозвища. Если бы корень был твёрдым, фамилия звучала бы как Пухнаков, но такой вариант в русских документах не зафиксирован. Так что Пухнякова — фамилия с прозрачной внутренней формой, но редкой географией.