Фамилия Пухняк образована от прозвища, и её основа ясна без долгих разысканий: «пухняк» или «пухлый». В русских говорах «пухняком» называли нечто рыхлое, мягкое, вздутое, а в переносном смысле — человека полного, тучного или с одутловатым лицом. Прозвища по внешности давали часто и охотно, так что Пухняк — типичный пример фамилии-характеристики, где внешний признак закрепился за родом.

Суффикс -ак в фамилиях восточных славян продуктивен и многозначен. Он мог указывать на носителя признака: Пухняк — «тот, кто пухлый». В украинской и белорусской традиции этот суффикс особенно распространён, и фамилия Пухняк скорее всего имеет западнорусское, украинское или белорусское происхождение. В польском языке есть слово puchnąć — «пухнуть», и фамилия могла возникнуть и там, но в русском контексте её чаще связывают с юго-западными говорами.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным «пухня» (пух, перина) или «пух» как материал. Тогда прозвище мог получить торговец пухом, пером или человек, занимавшийся набивкой перин. Однако эта гипотеза слабее: основное значение слова «пухняк» в живой речи — именно «толстяк», и ономастика обычно опирается на самое распространённое бытовое прозвище.

В сословном отношении Пухняки — почти наверняка крестьянская или мещанская фамилия. Дворянские роды с таким окончанием редки, а фамилии на -ак в массе своей фиксировались у непривилегированных слоёв. Если искать однокоренные фамилии, то рядом стоят Пухов, Пухлов, Пухляков — все с той же идеей полноты или мягкости.

Географически фамилия встречается в западных областях России, на Украине и в Беларуси, но массовых данных по ней немного. В ревизских сказках XIX века Пухняки изредка попадаются в Черниговской и Могилёвской губерниях — это ещё один довод в пользу западнорусского следа.