Фамилия Пухонто — редкий случай, когда прозвище превратилось в фамилию, почти не изменив формы. В ней нет типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу указывает на её позднее происхождение или нерусские корни. Скорее всего, перед нами украинская или белорусская фамилия, застывшая в виде чистого прозвища.

Основа фамилии — «пухонт» или «пухонтий». В народной речи так могли называть человека пухлого, мягкотелого или слишком чувствительного, обидчивого. Слово связано с глаголом «пухнуть» и существительным «пух» — что-то лёгкое, рыхлое, набухающее. Суффикс «-онт» в прозвищах нехарактерен для русского языка, но встречается в юго-западных говорах и польском влиянии (ср. польск. puchnąć — пухнуть, puch — пух). В украинском языке есть аналогичные модели: «пухлий» (пухлый), «пухляк» (толстяк). Таким образом, Пухонто — это человек, получивший прозвище за полноту, рыхлость телосложения или, в переносном смысле, за изнеженность.

Версия о происхождении от календарного имени маловероятна. Имени Пухонто нет в святцах, и даже близкие греческие и латинские имена (вроде Пахомий) не дают созвучия. Спорная гипотеза о связи с итальянским puhonto (взрывной, пышный) не подтверждается историческими данными — фамилия бытует исключительно в восточнославянской среде, преимущественно на Украине и в южных областях России.

Социальный статус первых носителей фамилии определить трудно. Поскольку фамилия не получила дворянского суффикса, её обладатели, скорее всего, были крестьянами или казаками. В реестрах Войска Запорожского встречаются похожие прозвища (Пух, Пухальский), что косвенно подтверждает казачью среду. Фамилия Пухонто — живое свидетельство того, как меткое бытовое прозвище, данное за внешность или характер, закрепилось в роду и дошло до наших дней почти без изменений.