Фамилия Пуковкин звучит необычно, но устроена по классической русской модели. Её основа — прозвище или имя Пуковка, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Пуковки». Это типичная «патронимическая» фамилия, образованная от личного прозвища, а не от крестильного имени.

Корень здесь — «пук-». В русских говорах слово «пук» или «пука» имело несколько значений. Самое вероятное: «пук» — это пучок, связка, клок (льна, сена, волос). Прозвище Пуковка могли дать человеку с пышными, торчащими волосами, с кудрявой или растрёпанной шевелюрой. Встречается и другое, более прозаичное объяснение: в диалектах «пукать» значило «лопаться, трескаться», а «пука» — «нарыв, шишка». В этом случае прозвище могло указывать на какую-то внешнюю особенность, например, на бородавку или небольшую опухоль.

Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «пукать» в значении «издавать глухой звук». Тогда прозвище могло быть шутливым, звукоподражательным — по аналогии с фамилиями Пердунов или Бздюлев, но в более мягкой форме. Впрочем, такая версия не подкрепляется серьёзными ономастическими источниками, и первая (от «пук» — пучок) выглядит убедительнее.

В писцовых книгах XV–XVII веков встречаются прозвища Пук, Пука, Пуков. Например, в новгородских землях записан крестьянин Пуков (конец XV века). Фамилия Пуковкин — более поздняя, уменьшительная форма, характерная для северных и центральных регионов России. Суффикс -к- в основе (Пуковка) мог придавать прозвищу ласкательный или уменьшительный оттенок: не просто «пук», а «маленький пучок».

Интересно, что фамилия редкая. Она не попала в массовые списки московских бояр или дворянских родов, что намекает на её крестьянское или посадское происхождение. Предки Пуковкиных, скорее всего, были людьми незнатными, но с метким, запоминающимся прозвищем, которое закрепилось за родом через поколения.