Фамилия Пунейко — яркий пример того, как региональная принадлежность и языковые контакты проступают в самой структуре слова. Скорее всего, перед нами фамилия белорусского или украинского происхождения, и ключ к её разгадке — суффикс -ейко. В восточнославянской ономастике этот суффикс — уменьшительно-ласкательный, он характерен для прозвищ и производных имён на территории Беларуси и западной Украины. В польском языке ему соответствует суффикс -ejko, что указывает на возможное влияние польской традиции именования.

Основа фамилии, Пун-, менее прозрачна и допускает несколько версий. Самая прямая: она восходит к диалектному прозвищу «Пуня» или «Пунька». В юго-западных говорах «пуня» — это хлев, сарай, закуток для скота. Прозвище могли дать человеку, который жил при таком строении, работал скотником или просто был неопрятным. Вторая версия связывает основу с литовским словом pūnas — «пухлый», «толстый» (или pūnyti — «набухать»). Учитывая, что суффикс -ейко распространён на землях бывшего Великого княжества Литовского, балтский след в фамилии Пунейко нельзя исключать. Третья, менее вероятная гипотеза — от имени Пуня как сокращённой формы от канонического имени Пудик (от лат. pudicus — «стыдливый»), но такая форма редка.

Таким образом, фамилия Пунейко образована по типичной для западных регионов модели: основа-прозвище + фамильный суффикс. Её носитель — потомок человека, которого в своём окружении называли Пуней или Пунькой. Причём прозвище это могло быть как бытовым (по месту жительства или роду занятий), так и описательным (по внешности). Встречается фамилия в основном в Беларуси (особенно на Гродненщине и Минщине), а также в западных областях Украины и Польши. В России она редка и часто оказывается результатом переселения или эвакуации в XX веке.