Фамилия Пунинский образована от личного прозвища и относится к распространенному типу славянских фамилий. Фамилия Пунинский образована от прозвища Пуня. Оно восходит к нарицательному «пуня» - «сарай для хранения мякины, сена», «кладовка, клеть для хозяйственных надобностей». Вероятно, прозвище содержит указание на социальное положение и род занятий основателя фамилии. Скорее всего, он был крестьянином, который по необходимости проводил много времени в сарае, занимаясь домашними делами. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пуня, со временем получил фамилию Пунинский. О точном месте и времени возникновения фамилии Пунинский в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пунинский представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.