Фамилия Пупатенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, буквально означающий «маленький» или «сын», в XVI–XVII веках стал главным маркером украинской фамильной системы, вытеснив более архаичные формы. Пупатенко, таким образом, изначально означало «сын Пупаты» или «потомок Пупаты».

Основа фамилии — Пупат(а) — неочевидна и вызывает споры. Самый прямой путь ведет к слову «пупа» — диалектному названию пупка или пуповины. В таком случае прозвище Пупата могли дать человеку с заметным, выпирающим животом или же, что реже, младенцу, родившемуся с необычной пуповиной. Однако это лишь первая, бытовая версия.

Более глубокая гипотеза связывает основу с древнерусским или церковнославянским словом «пупъ» в значении «центр», «середина», «средоточие» (отсюда «пуп земли»). Прозвище Пупата могло указывать на человека, который был «центром» общины, главой рода или заводилой — то есть иметь не физическую, а социальную характеристику. Эта версия менее популярна в народной этимологии, но лингвистически не менее правдоподобна.

Встречается и третий, более редкий вариант: связь с диалектным глаголом «пупать» — стучать, хлопать, или с названием птицы (возможно, пупавки — разновидности удода). В этом случае прозвище Пупата могло относиться к шумному, суетливому человеку.

Географически фамилия Пупатенко тяготеет к центральным и юго-восточным областям Украины (Полтавщина, Черкащина, Днепропетровщина), где суффикс -енко был особенно распространен. В России она встречается, но значительно реже, и почти всегда — следствие миграции украинских крестьян в XVIII–XIX веках.

Таким образом, Пупатенко — это «сын Пупаты», где само прозвище предка могло быть связано либо с внешностью (пузатый), либо с ролью в обществе (центральная фигура), либо с особенностями поведения (шумный, деятельный). Выбор между версиями — дело вкуса, но первая (по физическому признаку) остается самой естественной для прозвищной традиции.