Фамилия Пупелина — редкая и звучит неожиданно, но её происхождение куда прозаичнее, чем можно подумать. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Пупель. В русских говорах так могли называть пухлого, круглолицего или низкорослого человека — слово «пупель» родственно диалектному «пупырь» (нечто вздутое, выпуклое) и тому же «пупу» (в значении «середина, центр»). Скорее всего, прозвище давали по внешности: полный ребёнок или приземистый мужчина.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Пупелин — буквально «сын (или потомок) Пупеля». Если бы основа оканчивалась на согласный, мы бы получили Пупелев, но здесь сработала старая модель: к основе на мягкий согласный или -а/-я добавляли -ин (сравните: Гагарин — от Гагара, Пушкин — от Пушка).

В отличие от многих фамилий, у Пупелиной нет очевидной географической привязки к одному региону. Она встречается рассеянно — на Урале, в Поволжье и в центральных областях, но нигде не образует плотных гнёзд. Это говорит о том, что фамилия не пошла от известного боярского или купеческого рода, а возникла в крестьянской или мещанской среде независимо в разных местах.

Интересная деталь: в некоторых говорах «пупель» имел второе значение — «завязь плода» или «бутон». В этом случае прозвище могло относиться к садоводу или огороднику. Но первая версия — по внешности — всё же правдоподобнее, так как в основе русских прозвищ телесные особенности встречаются гораздо чаще, чем тонкие профессиональные метафоры.

Сравните с однокоренными фамилиями: Пупин, Пупышев, Пупынин. Все они образованы от того же корня с разными суффиксами. Пупелина стоит особняком из-за редкого суффикса -ель, который придаёт прозвищу уменьшительно-ласкательный или ироничный оттенок. Сейчас это просто фамилия, но когда-то за ней стоял живой портрет: кругленький, упитанный человек, которого в деревне окликали Пупелем.