Фамилия Пупелис звучит не по-русски, и это ключ к её происхождению. По модели образования — это типичная латышская или, реже, литовская фамилия с суффиксом -ис (-is), который в балтийских языках указывает на принадлежность или происхождение (аналог русского -ов/-ев или -ин). В Латвии такие фамилии массово закрепились в XIX веке, когда латышским крестьянам давали официальные фамилии по прозвищам, занятиям или внешним признакам.

Основа «Пупел-» почти наверняка восходит к латышскому слову pupelis — уменьшительная форма от pupa (боб). В диалектах pupelis могло означать не только «боб» или «горошина», но и переносно — «маленький, круглый человек» или «толстяк». Также не исключено, что прозвище дали за любовь к бобовым блюдам или за занятие огородничеством. В литовском языке есть похожее pupelis с тем же значением, но фамилия Пупелис встречается в Латвии чаще, особенно в восточных регионах (Латгалия).

Русская огласовка «Пупелис» — результат адаптации балтийской фамилии в русскоязычной среде. В документах XIX — начала XX века её могли записывать как «Пупелисъ» или «Пупелис». Если предки носителя жили на территории бывшей Российской империи, фамилия могла перейти в русский контекст без изменений, так как суффикс -ис не характерен для русских фамилий, но легко вписывался в паспортные записи.

Версия о связи с греческим или итальянским корнем (например, pupella — «кукла») маловероятна: для таких фамилий в Восточной Европе нет исторической базы. Спорные гипотезы о происхождении от древнерусского «пуп» (пупок) или польского pupel (цыплёнок) не выдерживают проверки: суффикс -ис чётко указывает на балтийскую языковую среду.

Таким образом, Пупелис — фамилия, которая с высокой вероятностью говорит о латышских или литовских корнях её носителя, а в основе лежит прозвище, связанное с бобовыми культурами или внешностью.