Фамилия Пупсидрон — случай уникальный, почти наверняка искусственного происхождения. В её основе нет ни древнерусского прозвища, ни географического названия, ни крестильного имени. Слово «пупсидрон» не фиксируется ни в одном из известных словарей русских фамилий (Унбегауна, Никонова, Веселовского), и это прямо указывает на позднее, книжное или шуточное возникновение.

Скорее всего, фамилия образована от слова «пупс» (кукла, малыш) с добавлением псевдонаучного суффикса -дрон (от греч. «dromos» — бег, путь, как в словах «аэродром», «синдром»). Такая модель характерна для эпохи конца XIX — начала XX века, когда в среде городской интеллигенции, студентов, актёров и кинематографистов было модно создавать вычурные, нарочито «учёные» псевдонимы или прозвища. Пупсидрон мог означать «бегущий пупс», «кукольный бегун» или просто быть намеренно абсурдным словом, призванным запомниться.

Версия о том, что фамилия произошла от реального прозвища человека, который был маленького роста или любил играть с куклами, маловероятна: русская народная традиция не знает суффикса -дрон в фамилиях (обычные окончания — -ов, -ин, -ский, -их). Исключение составляют фамилии, переделанные из иностранных (например, Дронников от «дрон»), но здесь основа явно не та.

Таким образом, Пупсидрон — это, по всей видимости, фамилия-артефакт. Её носители, скорее всего, потомки человека, который в начале XX века взял себе яркий псевдоним (возможно, артист цирка, фокусник, писатель-сатирик или участник революционного кружка, любивший эпатаж). Другой вариант — фамилия могла быть дана в детдоме или интернате воспитателями с чувством юмора. В любом случае, это редкий пример, когда фамилия — не наследство от предка-крестьянина или ремесленника, а сознательный творческий акт, застывший в документе.