Фамилия Пупялис звучит для русского уха необычно, и это первый ключ к её разгадке. Она не вписывается в стандартные русские модели на -ов, -ин или -ский. Её выдает суффикс -ис, который в русском языке почти не встречается в исконных фамилиях, но характерен для литовских и латышских окончаний. Пупялис — это фамилия, которая с высокой вероятностью имеет балтийское, а точнее литовское происхождение, и в русскую среду попала из Литвы или исторических земель Великого княжества Литовского.

Основа фамилии — «Pup-» (Пупа). В литовском языке слово «pupa» означает «боб», а «pupelė» — «фасоль». Фамилия Пупялис (Pupelis) образована от этой основы с помощью уменьшительного суффикса -elis, который придаёт значение «маленький боб», «бобок» или «фасолинка». Вероятнее всего, это было прозвище, данное человеку за какие-то внешние черты (например, небольшой рост или округлость) или же по роду занятий — возможно, предок выращивал или торговал бобовыми культурами.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна для литовской ономастики: корень + уменьшительный суффикс + окончание мужского рода -is. В русском языке при записи фамилии окончание могло немного измениться (Пупялис вместо Pupelis), но суть осталась той же. Если бы фамилия была русской, она звучала бы как Пупков или Пупин, но балтийский суффикс -elis дал уникальную форму, которая сразу указывает на регион происхождения — западные губернии Российской империи.

В отличие от многих русских фамилий, которые ведут происхождение от крестильных имён, Пупялис — это чисто прозвищная фамилия, связанная с миром растений. Она не имеет отношения к «пупу» в значении «центр» или «пупок», хотя для русского уха такое созвучие возможно. В литовской среде это совершенно нейтральное и даже ласковое прозвище, аналогичное русской фамилии Горохов или Бобров. Носители фамилии Пупялис — это потомки крестьян или горожан из балтийского региона, которые в XIX веке получили фамилию по своему бытовому прозвищу.