Фамилия Пуртутун — редчайший случай в русской ономастике. Её происхождение не укладывается в привычные модели образования русских фамилий, и это первое, что бросается в глаза. В ней нет типичных суффиксов -ов, -ин, -ский, а окончание -ун скорее напоминает тюркские или монгольские языки, где -ун — распространённый аффикс, образующий имена и прозвища (сравните: Кутун, Бутун, или известное монгольское имя Мункэ).

Сама основа «Пуртут» — тёмная. Наиболее вероятная версия связывает её с тюркским корнем «пурт» (или «бюрт»), который в некоторых диалектах означает «волк» или «хищник». В таком случае Пуртутун можно перевести как «волчонок» или «тот, кто похож на волка». В кочевых обществах прозвища, связанные с волком, были распространены и часто становились личными именами, которые затем закреплялись за родом.

Вторая, менее правдоподобная гипотеза отталкивается от коми-пермяцкого или удмуртского слова «пурт» — «нож». Тогда «Пуртутун» могло бы означать «нож, который режет» или «острый как нож». Однако для финно-угорских языков такое словообразование с повтором слогов нехарактерно, поэтому версия с волком выглядит убедительнее.

Географически фамилия встречается единично, в основном в Западной Сибири и на Урале — в зоне исторических контактов русского населения с тюркскими и монгольскими народами. Это позволяет предположить, что предок носителя фамилии мог быть выходцем из сибирских татар, башкир или казахов, принявшим православие и получившим фамилию по своему прежнему родовому прозвищу. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным сословиям нет — скорее всего, это крестьянская или казачья фамилия.

Словообразовательная модель Пуртутун уникальна для русского языка: двойной повтор корня (редупликация) с добавлением тюркского суффикса. В русских фамилиях такое встречается лишь в единичных заимствованных случаях (например, Чичиков — от тюркского «чичик»). Поэтому Пуртутун — не просто фамилия, а лингвистический артефакт, сохранивший следы давних степных миграций.