Фамилия Пушненкова — женская форма, а её мужской вариант, Пушненков, образован по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от основы на согласный с помощью патронимического суффикса -ов. Это типичная «фамилия-притяжательность», отвечавшая на вопрос «чей?»: Пушненков — значит сын Пушненка или потомок человека с прозвищем Пушненок. В центре внимания здесь не корень, а суффикс -енок, который в древнерусском языке и диалектах имел уменьшительное значение, а также указывал на молодое существо или детёныша (сравните: телёнок, волчонок). Прозвища на -енок давали младшим в роду, подросткам или людям невысокого роста, и со временем они закреплялись за целыми семьями.

Корень фамилии — пушн-, и здесь возможны два основных объяснения. Первое: связь с диалектным словом «пушной», то есть пушистый, покрытый пушком, или с существительным «пушнина» — мех. Прозвище Пушной или Пушненок мог получить человек с пушистыми волосами, бородой, либо тот, кто торговал пушниной, занимался охотой на пушного зверя. Второе, более редкое: вариант от слова «пушка» — тогда Пушненок мог быть сыном пушкаря или человека, связанного с артиллерией. В пользу первой версии говорит обилие однокоренных фамилий — Пушнин, Пушнов, Пушкарев — и то, что прозвища по внешним признакам давали чаще, чем по профессии.

Географически фамилия Пушненков тяготеет к северным и центральным регионам России, где промысел пушнины был основой хозяйства. Встречается она нечасто, что указывает на локальное происхождение: скорее всего, род Пушненковых пошёл из одной деревни или волости, а не расселился широко. В дореволюционных переписях такие фамилии чаще фиксировали у крестьян и мещан, реже — у однодворцев. Сословная принадлежность предков Пушненковых, вероятно, была крестьянской, но точных данных, без вымысла, здесь нет — фамилия не попала в известные боярские или дворянские списки.

Таким образом, фамилия Пушненкова — это память о прозвище предка по отцовской линии: либо пушистого, лохматого человека, либо охотника-пушника. Суффикс -енок добавляет к образу оттенок младшего или маленького, что делает прозвище особенно живым и бытовым.