Фамилия Пушненков образована по модели, типичной для северо-восточных русских земель, где часто встречается суффикс -енков. Он указывает на происхождение от отчества или прозвища отца: Пушненко — Пушненков, то есть «сын Пушненка». В центральных и южных регионах чаще использовали суффикс -ов, а здесь форма на -енков закрепилась как фамильная, что сразу сужает географию — корни фамилии скорее всего в Рязанской, Тамбовской, Владимирской или соседних губерниях.

Основа фамилии — Пушня, Пушной или Пушненок. Самое прямое объяснение: прозвище Пушня давали человеку, связанному с пушниной — охотнику на пушного зверя, скорняку, торговцу мехами. В старину «пушной» означало и «пушистый», «мохнатый», так что прозвище могло пристать к человеку с густыми волосами или окладистой бородой. Есть и другая версия, менее очевидная: Пушненков может восходить к диалектному «пушной» в значении «глухой, отдалённый» (от «пуща» — лесная чаща). Тогда прозвище давали жителю глухомани.

Суффикс -енок в основе Пушненок — уменьшительно-ласкательный, характерный для прозвищ молодых людей или детей: Пушненок — «маленький Пушня». Это нередко встречалось в северных и центральных говорах, где прозвища на -енок обозначали сына или ученика. Со временем такое прозвище закрепилось за родом, а потом фамилия приняла стандартную форму на -ов.

Стоит обратить внимание, что фамилия Пушненков — не путать с Пушниковым или Пушкиным. Корень здесь один, но суффиксы разные. Пушников — от «пушник» (торговец пушниной), Пушкин — от прозвища Пушка (возможно, от слова «пушка» или «пухлый»). Пушненков же стоит особняком: его ареал — преимущественно Рязанская и Тамбовская области, где фамилии на -енков особенно часты. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, предки жили в одном селе или волости и не расселялись широко.

Если искать социальный контекст, то носители фамилии Пушненков, вероятно, были из крестьян или однодворцев — государственных крестьян южных окраин, которые несли сторожевую службу и занимались промыслами. Пушной промысел в этих краях был распространён, так что прозвище могло быть профессиональным.