Фамилия Пушнекова образована от мужского варианта Пушнеков. Её основа — слово «пушняк» или «пушной», то есть имеющий отношение к пушнине, меху. Скорее всего, предок носителя фамилии занимался добычей, выделкой или торговлей пушниной. В русских говорах «пушняком» называли и мелкого лесного зверя, и меховой товар, и даже человека, который промышлял охотой на пушного зверя. Прозвище Пушняк мог получить охотник, скорняк или купец, торговавший мехами.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Пушнеков — сын или потомок Пушняка. Форма Пушнекова с окончанием -а — женская, типичная для русских фамилий в традиционном употреблении. Фонетически интересен переход «я» в «е»: Пушняк превратился в Пушнек, что встречается в северных и сибирских говорах, где «я» под ударением могло редуцироваться. Это даёт косвенную привязку к регионам с развитым пушным промыслом — Русский Север, Урал, Сибирь.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Пушнеков — отпрозвищная, а не от имени или географического названия. Это отличает её от фамилий на -ский, которые часто указывают на дворянское происхождение или место жительства. Пушнековы, скорее всего, были людьми из крестьянской или купеческой среды, так как пушной промысел был занятием не знати, а простых промышленников.

В ономастических словарях фамилия Пушнеков не упоминается широко, что говорит о её относительной редкости. Сравнить её можно с более частыми Пушкарёвым (от пушкарь) или Пушниковым (от пушник — мастер по пушкам), но корень у Пушнекова иной — не военный, а промысловый. Таким образом, фамилия прямо указывает на занятие предка в сфере пушной торговли или охоты, и эта версия — наиболее правдоподобная, без натяжек на другие корни.