Фамилия Пушницына — женская форма фамилии Пушницын, и её происхождение напрямую связано с пушниной. Основа фамилии — слово «пушница». В старину так называли не просто мех, а меховую казну, пушной товар или даже место, где хранили и сортировали шкурки. Однако в основе фамилии чаще всего лежит прозвище Пушница — так могли прозвать торговца пушниной, скорняка, охотника на пушного зверя или человека, ведавшего пушными поборами (ясаком) на Севере. Модель образования типична для восточнославянских фамилий: к основе на -а присоединяется патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Пушницы, дочь Пушницына).

Фамилия редкая, но географически привязана к регионам, где пушной промысел был основой жизни — Русский Север, Сибирь, Урал. Встречается в архангельских и вологодских переписях, а также у старообрядцев, уходивших в глухие леса, где охота кормила семьи. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образовывались от мужских имен и прозвищ на твёрдый согласный, -ин характерен для основ на -а/-я. Здесь основа «Пушниц-» — прозвищная, а не каноническая, что указывает на социальные корни: предки были не из высших сословий, а из крестьян, посадских людей или промышленников.

Встречается и версия, что Пушница — это прозвище от глагола «пушить» (бранить, распускать слухи), но она слабая: в русской ономастике почти нет фамилий, образованных от такого значения, зато масса примеров, где корень «пуш-» связан с мехом (Пушкарёв — от пушкаря, Пушкин — от прозвища Пушка, но Пушницын — строго от пушнины). Словарь Б. Унбегауна относит такие фамилии к «профессиональным», что подтверждает основную версию.

Склонение фамилии стандартное: Пушницына (именительный падеж), Пушницыной (родительный, дательный, творительный, предложный). В мужском роде — Пушницын, что созвучно с фамилией Пушкин, но корни разные: Пушкин — от прозвища Пушка (артиллерийское орудие или пухлый человек), а Пушницын — от меха. Эта схожесть иногда вводит в заблуждение, но этимология здесь прозрачнее и приземлённее.