Фамилия Пушницын — редкий случай, когда прозвище предка, скорее всего, не связано с пушниной напрямую, а указывает на конкретное ремесло. Основа здесь — «пушница». В диалектах русского языка так называли не только меховой товар, но и мастера, который выделывал шкурки или шил из них одежду. То есть Пушницын — это «сын пушника» или «сын пушницы», где слово «пушница» выступало в роли профессионального прозвища.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Пушницын. Это типичная патронимическая модель для фамилий, образованных от основ на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов (Пушников), которые тоже встречаются, форма Пушницын закрепилась именно за носителем прозвища Пушница, а не Пушник. Такие варианты часто возникали в северных и сибирских говорах, где пушной промысел был основой хозяйства.

Есть и другая, более редкая версия: в некоторых говорах «пушница» означала не человека, а инструмент — род долота или стамески для обработки дерева. Если предок был плотником или столяром, фамилия могла родиться от прозвища по орудию труда. Но в ономастике более убедительной считается первая версия — по роду занятий, так как профессиональные прозвища давали чаще, чем по инструменту.

Фамилия не относится к числу дворянских или широко распространённых. Встречается в основном на Русском Севере, в Вологодской и Архангельской областях, а также в Сибири — в местах традиционного пушного промысла. В дореволюционных переписях Пушницыны фигурируют как государственные крестьяне и мещане, то есть люди свободных сословий, но не знатного происхождения.

Написание фамилии устойчивое: через «ы» после «ц», что соответствует старомосковской орфоэпической норме. Вариант Пушницин (с «и») — ошибка, возникшая под влиянием современного произношения. В исторических документах XVII–XVIII веков встречается написание Пушницынъ, с твёрдым знаком на конце.