Фамилия Пустота — редкий случай, когда прозвище стало фамилией, почти не изменив формы. В русской ономастике фамилии на -а, образованные от нарицательных существительных без суффикса, обычно указывают на прямое прозвище, данное человеку. Слово «пустота» в древнерусском языке имело несколько значений: пустое, незастроенное место, незасеянное поле, а также переносное — «пустой человек», то есть легкомысленный или бессодержательный. Скорее всего, предок получил такое прозвище не за отсутствие ума, а за то, что жил на пустоши — на новом, необжитом месте, расчищенном из-под леса или брошенном прежними хозяевами. В документах XVI–XVII веков «пустотами» называли заброшенные деревни и участки земли, которые потом отдавали крестьянам на льготных условиях. Человек, поселившийся на такой земле, получал прозвище Пустота, а его потомки — фамилию.

Второй возможный корень — мирское имя-оберег. В дохристианской и раннехристианской традиции родители могли назвать ребёнка «пустым» именем, чтобы обмануть злых духов: мол, ребёнок ничего не стоит, не нужен, и потому его не заберут. Такие имена, как Ненаш, Нехорошко, Пустота, встречаются в писцовых книгах. Правда, эта версия менее вероятна: Пустота как личное имя зафиксирована редко, а вот прозвище по месту жительства — обычная практика.

Фамилия не получила широкого распространения. Географически она встречается в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской губерниях, где было много пустующих земель после Смутного времени. В отличие от фамилий Пустовалов, Пустозёров, Пустошкин, где основа усложнена суффиксами или вторым корнем, Пустота сохранила исходную форму без изменений, что делает её архаичной. В дворянских родословных книгах она не значится: носители — преимущественно крестьяне и однодворцы. Ударение, судя по говорам, падает на последний слог — Пустота́, хотя в литературном произношении допустим и вариант с ударением на «о».