Фамилия Пустушкина — женская форма, а её мужской вариант — Пустушкин. В центре внимания здесь необычная основа и суффикс, который сразу подсказывает, как именно возникла фамилия. Она образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ин, который присоединяли к основам, оканчивающимся на -а или -я. Значит, в основе лежит прозвище или имя Пустушка.

Самая очевидная версия связывает Пустушку со словом «пустой». В русских говорах «пустушкой» могли называть пустого, легкомысленного человека, болтуна или того, кто занимается пустяками. Но есть и другой, более конкретный вариант. В некоторых регионах «пустушкой» называли пустое, незасеянное поле или участок земли — пустошь. Тогда прозвище мог получить крестьянин, живший на таком пустыре, или человек, которому досталась бесплодная земля. Ономасиолог Б. Унбегаун в своих работах отмечал, что фамилии от географических прозвищ (по месту жительства) очень распространены, и «пустошь» — характерный пример для северных и центральных губерний России.

Третий, менее очевидный, но возможный вариант — связь с диалектным глаголом «пустушить» (пустовать, бездельничать). В этом случае фамилия указывает на черту характера предка. Сравните с однокоренными фамилиями Пустошкин, Пустовалов, Пустозеров — все они несут оттенок некой «пустоты», но в разных смыслах. Пустушкин стоит особняком из-за уменьшительно-пренебрежительного суффикса -ушк-, который в прозвище мог придавать оттенок несерьёзности или даже насмешки.

Сословно фамилия Пустушкин, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано. Встречается она в основном на территории бывших Владимирской, Костромской и Ярославской губерний — тех самых местах, где слово «пустошь» было в ходу. Так что, скорее всего, первый Пустушкин был либо жителем пустоши, либо человеком, которого за легкомыслие прозвали пустушкой.