Фамилия Путоркин образована от прозвища или нецерковного имени Путорка. Основа «пут-» в русских говорах многозначна: она может указывать на путаницу, неразбериху (ср. «путать», «путаник» — человек, который всё путает), на спешку («путорный» — суетливый, торопливый в некоторых диалектах), либо на конкретный предмет — «путорка» в рязанских и тамбовских говорах означает небольшую верёвку или завязку. Скорее всего, прозвище Путорка дали человеку суетливому, непоседливому или тому, кто вечно всё перепутывал.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Путоркин — «сын Путорки» или «из семьи Путорки». Эта модель типична для русских фамилий, образованных от слов женского рода (Путорка) или от прозвищ с окончанием -а/-я. В отличие от фамилий на -ов (Путорков), форма Путоркин встречается реже и может указывать на более древнее или диалектное происхождение.

Фамилия почти не встречается в центральных областях России, зато заметна в Поволжье, особенно в Нижегородской области и Мордовии. Там «путорка» могла обозначать не только суетливого человека, но и мелкого торговца, который «путорится» — суетится на базаре. Встречаются также варианты Путоркин и Путорькин, но написание через «о» — основное и закрепившееся.

Никакой связи с дворянскими родами или известными историческими личностями у фамилии нет. Это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по характеру или поведению. В современных телефонных справочниках Путоркины встречаются редко, что делает фамилию скорее редкой и локальной.