Фамилия Путюшкин — редкий пример, где разбор упирается в неочевидную основу. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ушк-, который в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно он образует ласкательные или уменьшительные формы имён и прозвищ: Ванюшка → Ванюшкин, Тимошка → Тимошкин. Путюшкин, скорее всего, пошёл по той же модели.

Основа Путя (или Путюша) — это народная форма крестильного имени Путята. Имя Путята (древнерусское, от «путь» или «путный» — дельный, толковый) было распространено в домосковской Руси. В летописях упоминается, например, Путята — воевода киевского князя Владимира. Со временем имя превратилось в прозвище, а от него образовались фамилии: Путятин, Путин, Путяев и, с уменьшительным суффиксом, Путюшкин.

Вторая версия, менее правдоподобная, но имеющая право на существование, — от прозвища Путя в значении «путаник», «человек, который всё путает», или от диалектного «путюшка» (что-то маленькое, неказистое). Однако на фоне устойчивой ономастической традиции с именем Путята эта гипотеза выглядит слабее.

Географически фамилия тяготеет к северо-западным и центральным областям России (Псковская, Тверская, Новгородская губернии), где имя Путята было особенно распространено в XV–XVII веках. Встречается она редко — носителей можно пересчитать по пальцам, что говорит о локальном происхождении: вероятно, род пошёл из одной деревни или небольшой волости.

Словообразовательная модель проста: Путюша (ласкательное от Путя) + суффикс принадлежности -ин. Фамилия отвечает на вопрос «чей?» — то есть сын Путюши. Социальный состав предков, скорее всего, крестьянский или посадский, без дворянских корней — фамилии на -ушкин редко встречаются в родословных книгах знати.