Фамилия Пуйдокас — редкий случай в русском ономастиконе. С первого взгляда её окончание на -ас выдает нерусское происхождение: в русском языке такая модель фамилий почти не встречается, зато типична для литовской антропонимии. Суффикс -ас (лит. -as) — один из самых распространённых в литовских фамилиях, он указывает на мужской род. Поэтому Пуйдокас, скорее всего, литовская фамилия, сохранившая первоначальную форму без русификации. Если бы её адаптировали в русской среде, она могла бы превратиться в Пуйдоков или Пуйдокин, но этого не произошло.

Основа фамилии — Пуйдок- — разбирается неоднозначно. Самый вероятный вариант: она восходит к литовскому слову puide — «сварливый», «вздорный», «задира». В этом случае Пуйдокас — прозвище человека с неуживчивым характером, которое со временем закрепилось как фамилия. В литовской традиции такие прозвища-характеристики давали без злого умысла, просто фиксируя заметную черту. Вторая версия — связь с личным именем Пуйдас, которое могло быть сокращением от более длинного имени, например Пуйдаускас. Но в отличие от первой гипотезы, эта опирается на менее распространённую основу.

Географически фамилия Пуйдокас тяготеет к западным и северо-западным регионам бывшей Российской империи, где исторически жили литовцы: современная Литва, а также приграничные районы Беларуси и Польши. В русских документах XIX — начала XX века такую фамилию могли фиксировать у переселенцев из этих мест. Встречается она редко, что говорит о локальном распространении. В отличие от массовых русских фамилий на -ов, Пуйдокас не прошёл через стандартную русификацию, поэтому её носители, вероятно, долго сохраняли национальную идентичность и язык.

Этимологически фамилия Пуйдокас — яркий пример того, как прозвище, данное за поведение, становится родовым именем. Если верна версия с «задирой», то предок носителя этой фамилии был человеком прямым и неуступчивым, за что и получил своё прозвище. Других убедительных толкований у этой основы нет, что делает разбор довольно прозрачным.