Фамилия Пужляков — редкая и с точки зрения словообразования, и по корню. Её основа «пужл-» не встречается в частотных фамилиях, и это сразу подсказывает, что искать нужно не в книжном, а в диалектном или прозвищном слое русского языка.

Скорее всего, в основе лежит диалектный глагол «пужать» — пугать, стращать. «Пужливый» или «пужлявый» — так в некоторых русских говорах (особенно северных и сибирских) называли человека пугливого, робкого, который всего боится. От этого прилагательного и образовалось прозвище Пужляк — пугливый человек. Суффикс -як в русских прозвищах типичен для характеристики по поведению или внешности (сравните: добряк, толстяк, гуляка). Фамилия Пужляков, соответственно, означает «сын (потомок) Пужляка». Модель на -ов — самая распространённая в центральной России, она указывает на принадлежность к роду.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «пужать» означало не только пугать, но и «гнать, прогонять». Тогда Пужляком могли прозвать человека, который постоянно кого-то гнал — например, пастуха, подгоняющего скот, или сторожа, разгоняющего собак. Но психологическая характеристика (пугливый) выглядит более естественным источником прозвища, чем профессиональная.

Фамилия очень редкая. Основной ареал современного бытования — юг России (Краснодарский край, Ростовская область) и некоторые регионы Сибири. Это типичная «одиночная» фамилия, не образующая гнезда однокоренных, что подтверждает её происхождение от локального прозвища, а не от широко распространённого слова. В дореволюционных метрических книгах она почти не встречается в центральных губерниях, что косвенно указывает на её позднее закрепление или на миграцию носителей из северных областей, где слово «пужать» было в ходу.