Фамилия Пузинас — редкий для России случай, когда литовское окончание -ас приращивается прямо к русской основе. Скорее всего, перед нами не исконно русская, а полонизированная или литуанизированная форма, возникшая на землях бывшего Великого княжества Литовского, где столетиями смешивались восточнославянские, польские и балтские языки.

Основа фамилии — прозвище Пузь, Пуза или Пузо. В русских говорах «пузо» означало не только живот, но и выступающую часть чего-либо, а также неповоротливого, упитанного человека. Суффикс -ин- в русском языке дал бы фамилию Пузин, а здесь он «переодет» в литовский патронимический суффикс -ас (как в фамилиях Балтрунас, Садаускас). То есть Пузинас — это «сын Пузи» или «тот, кто из рода Пузиных», но оформленный по балтской модели.

Встречается фамилия в основном на северо-западе России и в Литве. В польских метриках XIX века можно найти форму Puzinas — с тем же значением, но записанную латиницей. Если предки Пузинаса были крестьянами или мещанами, то прозвище могло закрепиться за ними при переписи как насмешливое или описательное: «толстый», «пузатый». Однако в литовской среде слово «pūzas» означало ещё и «надутый», «спесивый», так что не исключён и характерологический оттенок.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна тем, что сохранила гибридную природу: славянский корень, русский суффикс -ин- и балтское окончание. В русском языке её часто переделывали в более привычную Пузинов или Пузин, но оригинальная форма Пузинас удержалась в документах у тех семей, которые жили в зоне литовско-русского пограничья — в Ковенской, Виленской или Сувалкской губерниях.