Фамилия Пыптенко образована по распространенной на украинских землях модели с суффиксом -енко, который изначально означал «сын» или «потомок». То есть Пыптенко — это буквально «сын Пыпета». Само прозвище Пыпет, от которого пошла фамилия, вероятнее всего, восходит к существительному «пипа» (в диалектном произношении «пыпа») — так называли меру вина, бочку объемом в 40–50 ведер.

Если придерживаться этой версии, основатель рода Пыптенко мог быть виноделом или торговцем вином — человеком, который имел дело с большими винными бочками. Прозвище, данное по роду занятий, легко закреплялось за человеком в небольшой общине, где ремесло или промысел определяли место человека в обществе.

Позже прозвище Пыпет, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Это типичная история для фамилий на -енко: сначала отчество или прозвище отца переходило к детям, а затем закреплялось за родом окончательно.

Стоит оговориться: версия с «пипой» правдоподобна, но не единственная. В южнорусских и украинских говорах встречались и другие значения похожих слов, например связанные с птицами — пипой могли называть небольшую птицу, отсюда и прозвище могло возникнуть по внешнему сходству или поведению человека. Однако связь с винной мерой выглядит более конкретной и предметной.

Фамилия Пыптенко — редкая, она не встречается в известных дворянских родословных и не имеет громких исторических носителей. Ее носители, скорее всего, происходят из среды ремесленников или крестьян юго-западных губерний Российской империи, где фамилии на -енко были особенно распространены. Сегодня фамилию можно встретить в России и на Украине, но массовой она не стала.