Фамилия Пышенкова принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвища с помощью суффикса -ов/-ев. В основе лежит мужская форма Пышенков, которая закрепилась за главой семьи, а затем перешла к потомкам. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Пышенков — сын или потомок Пышенка.

Корень фамилии — «пыш-», который в русских говорах имел несколько значений. Самое очевидное — прилагательное «пышный», то есть полный, дородный, осанистый. Прозвище Пышенок могли дать человеку крепкого телосложения, с пышной бородой или просто любившему пышно одеваться. Однако есть и другая, менее известная версия: в некоторых диалектах «пышкой» называли не только сдобную булочку, но и человека с румяным, круглым лицом. Тогда прозвище носило скорее ласковый, бытовой оттенок.

Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «пышать» — дышать с трудом, пыхтеть. В этом случае прозвище могло закрепиться за тучным или запыхавшимся человеком. Но ономастика обычно склоняется к первой версии: фамилия описывает внешность, а не манеру поведения.

С географической точки зрения фамилия Пышенкова не привязана к одной области, но чаще встречается в центральных и южных регионах России, где были распространены прозвища, описывающие внешность. Встречаются и однокоренные фамилии: Пышкин, Пышнов, Пышечкин. Отличает Пышенкова суффикс -енк-, который в основе указывает на уменьшительную форму прозвища (Пышенок), а не на польско-украинское происхождение, как могло бы показаться на первый взгляд. Это чисто русская модель: Пышенок — Пышенков.

В дореволюционной России фамилия не указывала на сословие: Пышенковы могли быть и крестьянами, и мещанами, и купцами. Точных сведений о дворянских ветвях нет. Сегодня фамилия встречается нечасто, но сохраняет живую связь с русским языком и бытовой наблюдательностью предков, которые метко подмечали характерные черты человека.