Фамилия Пюпиркин звучит настолько необычно, что в первую очередь просится версия о книжном, «кабинетном» происхождении. И она, скорее всего, верна. Основа фамилии — слово «пюпитр» (подставка для нот или книг), заимствованное из французского (pupitre) через немецкое посредничество. В русском языке слово закрепилось в XVIII-XIX веках, в среде образованных слоёв, музыкантов и чиновников.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «пюпитр» добавился суффикс -к-, а затем фамильный патронимический суффикс -ин. Форма «Пюпиркин» вместо ожидаемого «Пюпитров» — результат народного переосмысления. Окончание «-тр» было воспринято как чужое и заменено на более привычное «-р», что дало «Пюпирка», а затем и фамилию. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Пюпиркин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Пюпирка.

Кем мог быть этот первый Пюпирка? Вероятнее всего, прозвище получил человек, имевший отношение к пюпитру: переписчик нот, регент церковного хора, учитель музыки или даже канцелярист, работавший за конторкой-пюпитром. Вряд ли это прозвище было обидным — скорее, профессионально-ироничным, как Книжкин или Бумажкин. Среди крестьян такая фамилия возникнуть не могла, так как слово было книжным и узкопрофессиональным.

География фамилии сегодня крайне разрежена. Носители встречаются единично, в основном в крупных городах центральной России, что подтверждает её позднее, «интеллигентское» происхождение. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) фамилия не фиксируется как массовая — это редкий случай, когда прозвище дали не по внешности или занятию, а по предмету труда.