Фамилия Рафибеков образована по модели, типичной для тюркских и кавказских народов, но с русским патронимическим суффиксом -ов. Основа — два компонента: арабское имя Рафи (в переводе «высокий», «возвышенный», «достойный») и тюркский титул бек (князь, господин, предводитель). Сложение «Рафи-бек» означает «возвышенный господин» или «достойный князь». Это составное имя-титул, которое в тюркской и азербайджанской среде давали сыну знатного человека или как почётное прозвище.

Географически фамилия Рафибеков наиболее характерна для Азербайджана, Дагестана и северокавказских регионов, где была распространена модель образования фамилий от имён с титулом «бек» (ср. Алибеков, Мамедбеков, Гасанбеков). В XIX — начале XX века носители такой фамилии часто принадлежали к привилегированному сословию — бекам, то есть землевладельцам или военным предводителям. После установления советской власти многие потомки беков утратили сословные привилегии, но фамилия осталась.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия русифицирована — её записали в официальных документах (метриках, ревизских сказках) по русской грамматической модели, означающей «сын Рафибека». В исконном виде (без суффикса) фамилия могла бы звучать как Рафибек, но на Кавказе и в Закавказье при переходе в русскую административную систему к фамилиям на -бек почти всегда добавляли -ов.

Спорных версий происхождения у этой фамилии практически нет — корни прозрачны и не противоречат историческому контексту. Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -беков, где первая часть — распространённое арабское имя (Али, Мамед), имя Рафи встречается реже, что делает фамилию более узнаваемой и менее массовой. В современной России Рафибековы расселены дисперсно, без крупных гнёзд, что говорит о постепенной миграции с Кавказа в другие регионы.