Фамилия Рафибекова — женская форма фамилии Рафибеков, которая образована по азербайджанской или тюркской модели с компонентом «бек». В русском языке такие фамилии получали окончание -ов/-ев по аналогии с русскими патронимическими фамилиями. Основа фамилии — имя Рафи (араб. رافع, Rāfi‘ — «возвышающий», «поднимающий», одно из имён Аллаха в исламе) в сочетании с титулом «бек» (тюрк. «господин», «князь», «предводитель»). Так что Рафибек — это составное имя-титул, которое можно перевести как «господин Рафи» или «бек по имени Рафи».

Фамилия Рафибеков, а значит и Рафибекова, имеет ярко выраженную географическую привязку к Азербайджану и регионам исторического расселения азербайджанцев (включая Дагестан, Грузию, Иранский Азербайджан). В России она встречается преимущественно у представителей азербайджанской и лезгинской диаспор. Интересно, что суффикс -ов/-ев здесь — не исконный тюркский, а результат русификации: в оригинале фамилия звучала бы как Рафибейли (с азербайджанским патронимическим суффиксом -ли/-лы) или просто Рафибек, но при интеграции в российскую бюрократическую систему её адаптировали под стандартную русскую модель.

Модель образования фамилии — типичная для мусульманских именований Закавказья: личное имя + социальный статус. «Бек» указывает на знатное происхождение или принадлежность к военно-феодальному сословию. Предки носительницы фамилии, скорее всего, были беками — землевладельцами или военачальниками. В отличие от русских фамилий на -ин, которые чаще указывают на мать (если основа женского рода), здесь -ова — чисто грамматический показатель женского пола носительницы, а сама фамилия передаётся по мужской линии.

Среди однокоренных фамилий — Рафиев, Рафиевский, Рафизаде (с персидским суффиксом -заде «рождённый»), а также более редкие Рафибекян (армянская версия). Фамилия Рафибекова не входит в число массовых, её носительницы сосредоточены в основном в городах Баку, Гянджа, Дербент, а также в Москве и Санкт-Петербурге — среди потомков переселенцев 1990-х годов.