Фамилия Рафоилов — редкая и неочевидная с точки зрения корня. На первый взгляд она напоминает привычные русские фамилии на -ов, но её основа явно не славянского происхождения. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить суффикс -ов и посмотреть на корень «Рафоил».

Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от личного имени Рафаил. В библейской традиции архангел Рафаил (в переводе с иврита — «исцелил Бог») — один из семи архангелов. В русском быту имя Рафаил встречалось нечасто, в основном в среде духовенства или в семьях, где чтили церковные имена. Форма «Рафоил» — это народный или диалектный вариант того же имени, возникший из-за аканья (произношение «о» вместо «а» в безударном положении) или под влиянием южнославянских языков. Получается, что предок носителя фамилии, скорее всего, носил имя Рафоил (или Рафаил), а его потомки стали Рафоиловыми — то есть «сыновьями Рафоила».

Есть и альтернативная, более прозаичная версия. В некоторых говорах слово «рафой» или «рафоил» могло быть прозвищем, происходящим от диалектного глагола «рафолить» — делать что-то небрежно, кое-как, или же от «рафать» — говорить вздор. В таком случае фамилия могла закрепиться за человеком с определённым складом характера или манерой работы. Но эта версия менее убедительна: суффикс -ов в сочетании с полной формой «Рафоил» указывает именно на происхождение от имени, а не от прозвища.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, а также к территориям, где было сильно влияние греческой и еврейской культур (например, Новороссия, Крым). Именно там имя Рафаил встречалось чаще, чем в центральных губерниях. В дореволюционных метрических книгах Рафоиловы могли записываться как Рафаиловы, а после реформы орфографии фамилия закрепилась в современном виде.

Сословная принадлежность у Рафоиловых могла быть разной. Если фамилия произошла от церковного имени, то предок мог быть священником или дьячком. Если же от прозвища — то крестьянином или мещанином. Однозначного ответа нет, но первая версия — от имени Рафаил — выглядит основной.