Фамилия Рафилов — один из тех случаев, где за русским суффиксом скрывается нерусская основа. Чтобы понять её происхождение, стоит сразу отбросить версию о связи с русским словом «рафинад» или чем-то сладким: корень здесь другой, восточный.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Рафилов — сын человека по имени Рафил. Само имя Рафил — это русифицированная форма арабского имени Рафиль (или Рафиулла), которое в переводе с арабского означает «возвышенный», «высокий», «знатный». В мусульманской традиции это имя нередко давали с пожеланием ребёнку высокого положения или духовного роста.

В русскоязычной среде фамилия Рафилов закрепилась в среде татар, башкир и других тюркских народов, исповедующих ислам. Встречается она и у народов Кавказа, но реже. Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили татарские и башкирские роды, принимавшие православие или сохранявшие ислам, но писавшие фамилии по русскому образцу.

Интересная деталь: в дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках можно встретить написание «Рафиловъ» с твёрдым знаком на конце, что не меняет смысла, но выдаёт время фиксации фамилии — примерно вторая половина XIX века, когда у нерусских народов Российской империи массово оформляли фамилии по отчеству. До этого предки носителя фамилии могли зваться просто Рафил, без фамильного суффикса.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Рафиков, Рафиев) показывает разную модель образования: Рафиков — от имени Рафик («друг», «спутник»), а Рафилов — именно от Рафил. Это редкий случай, когда основа с окончанием -ил дала не -ин, а -ов, что тоже говорит об адаптации арабского имени к русской грамматике: имя Рафил воспринималось как основа на твёрдый согласный, поэтому и суффикс пошёл «мужской» -ов.

Если ваши предки носили фамилию Рафилов, скорее всего, они были выходцами из татарской или башкирской среды, а первый носитель получил её по отцу, которого звали Рафил. Никаких дворянских корней или крестьянского прозвища за ней не стоит — это чисто отчество, перешедшее в наследство.