Фамилия Рафиева — женская форма, образованная от мужской фамилии Рафиев. Её основа — личное имя Рафи, которое восходит к арабскому корню «рафаа» — «возвышать», «поднимать». В исламской традиции имя Рафи (или Рафиг) означает «высокий», «возвышенный», «тот, кто возвышает». Фамилия распространена в среде народов Кавказа и Закавказья, прежде всего у азербайджанцев, а также у горских евреев, где имя Рафи также встречается как сокращённая форма от библейского Рафаил.

Суффикс -ев указывает на русскую модель адаптации тюркских и иранских фамилий. В XIX — начале XX века при записи в метрические книги и паспорта окончание -ов/-ев добавляли к любой основе, нехарактерной для русского языка, чтобы фамилия вписалась в государственную систему. Так имя Рафи, не имевшее родового суффикса, получило стандартное русское окончание. В азербайджанском варианте фамилия могла бы звучать как Рафиев (с ударением на второй слог), а в русском произношении ударение часто смещается на первый или последний слог — это зависит от семейной традиции.

Встречается и альтернативное написание — Рафиева (через «и»), но оно не меняет корня. Иногда фамилию путают с Рафиковой — там основа другая, от имени Рафик («друг», «товарищ» по-арабски). Рафиева же прямо указывает на имя Рафи, которое могло быть дано мальчику в честь деда или религиозного деятеля.

Географически фамилия чаще всего фиксируется в Дагестане, Азербайджане и среди азербайджанской диаспоры в России. Встречается и у татов — ираноязычного народа, исповедующего иудаизм, где имя Рафи — это народная форма от Рафаил. Таким образом, носительница фамилии Рафиева может происходить из мусульманской или иудейской среды, но в обоих случаях её предки носили имя, означавшее «высокий» или «вознесённый».