Фамилия Рафуба настолько редкая, что её происхождение приходится восстанавливать по крупицам. В русских ономастических справочниках она не зафиксирована, а в базах данных встречается единично. Это сразу подсказывает, что перед нами не типичная русская фамилия, образованная от крестильного имени или прозвища с помощью суффикса -ов или -ин. Скорее всего, перед нами фамилия иноязычная, которая попала в русский язык в результате миграции или исторических контактов.

Наиболее вероятная версия — арабское или тюркское происхождение. Корень «раф» или «рафи» в арабском означает «высокий», «возвышенный», а «уба» может быть искажённым окончанием или частью сложного имени. В тюркских языках «рафуба» могло звучать как «рафубай» или «рафуба» — прозвище, данное человеку высокого роста или знатного происхождения. Встречается также вариант, что фамилия образована от арабского имени Рафу (Рафух) с добавлением тюркского аффикса принадлежности -ба, что характерно для некоторых народов Кавказа и Средней Азии. Таким образом, основа фамилии — личное прозвище или имя, указывающее на физическую или социальную характеристику предка.

Географически фамилия Рафуба может быть связана с регионами, где исторически смешивались арабские, тюркские и кавказские языки: Дагестан, Чечня, Азербайджан, а также среда крымских татар или народов Средней Азии. В русском контексте фамилия могла появиться через браки, службу или переселение. Из-за редкости носителей сословную принадлежность определить невозможно — это мог быть и ремесленник, и торговец, и духовное лицо. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия не прошла через стандартную русскую модель фамилеобразования, а значит, её носители сохранили исходное звучание, не адаптировав его под местные суффиксы.