Фамилия Рагаините — яркий пример литовской модели фамилии, и её разумнее всего рассматривать именно в этом балтийском контексте, а не через призму русских или славянских суффиксов. Основа — литовское слово ragas, что означает «рог». Это указывает на прозвище, которое могли дать человеку по нескольким причинам: либо у него был острый, упрямый характер (рогатый — символ упрямства), либо он занимался ремеслом, связанным с изготовлением роговых изделий (гребни, пуговицы, пороховницы), либо играл на рожке. В литовской деревне такие прозвища были распространены.

Суффикс -ите (в оригинале -ytė) — женский патронимический суффикс, типичный для литовских фамилий. Он буквально означает «дочь» или «потомок» того, кто носил мужскую форму. Мужской аналог здесь — Рагаинис (Ragainis). То есть Рагаините — это «дочь Рагаиниса», или, уже в современном понимании, женщина, носящая фамилию, образованную от мужской ветви рода. В Литве такие окончания сохраняют грамматический род в фамилиях, что отличает их от русских моделей.

Географическая привязка фамилии — запад Литвы, историческая область Жемайтия, а также регион вокруг города Рагайне (нынешний Неман в Калининградской области). Название города, кстати, происходит от того же корня ragas, что делает фамилию потенциально топонимической: предок мог быть выходцем из тех мест. Встречаются и однокоренные литовские фамилии — Рагаускас, Рагалис, Рагажя, — все они восходят к той же смысловой основе.

Примечательно, что в русской записи фамилия могла подвергнуться опрощению: окончание -ите в паспортах советского времени иногда писали как -ите (без мягкого знака), теряя литовский диакритический знак над y. Но в устной речи и в документах на литовском языке она сохраняет свою структуру. Таким образом, Рагаините — не случайное сочетание звуков, а фамилия, прямо указывающая на литовское происхождение и на то, что предок был либо «рогатым» человеком по прозвищу, либо жителем местечка Рагайне.