Фамилия Рахотский — одна из тех, где прозрачная основа на деле ведёт к нескольким разным вариантам происхождения. В первую очередь бросается в глаза корень «рахот», который на слух кажется диалектным или иноязычным. Самая вероятная версия — связь с глаголом «рахотать», что в южнорусских и украинских говорах означало «громко смеяться, хохотать, заливаться». Тогда прозвище Рахот или Рахота получал человек весёлый, шумный, балагур. Суффикс -ский указывает на формирование фамилии по польско-шляхетской или западнорусской модели: так образовывали фамилии от прозвищ или названий местности. Выходит, что Рахотский — это «сын или потомок Рахота», причём оформление фамилии могло произойти на территории современной Беларуси, Украины или западных областей России, где суффикс -ский особенно распространён.

Есть и альтернативная, менее очевидная версия — от названия населённого пункта. В России и Беларуси встречаются топонимы вроде Рахоты, Рахотное, Рахотка. Если предки переселились оттуда, фамилия могла закрепиться как указание на выходца: «тот, кто из Рахот». Такая модель типична для дворянских и служилых фамилий, но не стоит исключать, что и крестьяне, попадая в переписи, получали фамилию по месту прежнего жительства.

Словообразовательно фамилия стоит в одном ряду с Рахотников, Рахоткин, Рахотин, но именно суффикс -ский выделяет её — он реже встречается у крестьянских фамилий центральной России и чаще у тех, кто прошёл через польскую канцелярию или жил в Великом Княжестве Литовском. Поэтому носитель фамилии Рахотский с высокой вероятностью имеет западнорусские или белорусские корни, а его предок мог быть либо весёлым человеком, либо переселенцем из деревни с похожим названием.

Никаких сведений о массовом дворянском роде Рахотских в открытых источниках нет, что скорее говорит о позднем закреплении фамилии у непривилегированных сословий. Встречаемость фамилии сегодня невысока, она рассредоточена по России и Украине, без ярко выраженного регионального сгустка.