Фамилия Рахторин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она образована от прозвища или нецерковного имени, которое, в свою очередь, восходит к диалектному слову. Первое, что приходит в голову — связь с «рахтой» или «рахтором». В русских говорах, особенно пермских и вятских, «рахта» или «рахтор» означало неопрятного, неряшливого человека, разгильдяя. В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «рахторить» — делать кое-как, работать спустя рукава. Человек, за которым закрепилось такое прозвище, вероятно, был неаккуратным в быту или небрежным в работе.

Впрочем, есть и другая, более мирная версия. В некоторых говорах слово «рахта» имело значение «вялый, медлительный человек» — без резко отрицательной окраски. Прозвище могли дать спокойному, флегматичному крестьянину. Модель образования фамилии типична для русского севера и центра: основа на твёрдый согласный (Рахтор) плюс патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Рахтора»).

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительную пищу для размышлений. Фамилии Рахтин, Рахманов, Рахматуллин — все они имеют разные корни (первые два, скорее всего, от «рахта» или тюркского «рахмат» — милость). Рахторин стоит особняком: суффикс -ор в основе встречается редко, что делает фамилию хорошо опознаваемой. Географически она могла возникнуть в районах, где были распространены севернорусские говоры — Архангельская, Вологодская, Кировская области. Никаких документальных упоминаний о дворянском роде Рахториных нет — это, несомненно, крестьянская или мещанская фамилия, которая закрепилась за одной семьёй и не получила широкого распространения.